La magnitud real de la convivencia entre plantas, animales y microorganismos, se ha identificado en las últimas décadas gracias al uso de técnicas de secuenciación de ADN y otras herramientas de biología molecular, que no requieren cultivar los microorganismos (menos del 1% de los microorganismos se pueden cultivar en el laboratorio).
Cada ecosistema contiene una diversidad particular de bacterias, arqueas, hongos y virus, estableciendo con algunos relaciones de simbiosis, comensalismo y parasitismo. Las plantas, por ejemplo, conviven con un microbioma distinto en su parte aérea y sus raíces, ayudando cada uno al desarrollo de ésta. En las raíces se genera una relación de intercambio de nutrientes (como la fijación de nitrógeno por parte de algunas bacterias) y en la parte aérea las bacterias pueden influir sobre el desarrollo del fruto y en la defensa a patógenos.
En el caso del ser humano es posible distinguir microbiomas característicos en la boca, vías respiratorias, piel, tracto urogenital e intestinal, siendo el colon el hábitat del mayor porcentaje de bacterias que habitan nuestro organismo. La colonización del microbioma en el cuerpo humano, comienza desde la vida intrauterina y luego continúa hasta la creación de una comunidad más estable hasta los 3 años, proceso que se encuentra condicionado a la microbiota de la madre (intestinal e intrauterina), el mecanismo de parto, alimentación inicial, comienzo de la nutrición sólida y el entorno. Durante todo el desarrollo, existe una influencia del entorno en el establecimiento del microbioma y los alimentos (vegetales y fermentados) son una fuente más de aporte de bacterias y prebióticos (moléculas que son beneficiosas para nuestra microbiota).
Se estima que cada persona es el hábitat para 500-1000 especies de bacterias (al considerar cepas esto puede superar los 10000 organismos únicos). La razón aceptada de bacterias por cada célula humana es de 1.3 y la mayor parte de éstas colonizan el intestino, donde se alimentan de nutrientes que el ser humano no digiere (como la fibra) y producen una diversidad de moléculas que son beneficiosas para nuestra salud. Estas bacterias son fundamentales en la modulación del sistema inmune, nos proveen de vitaminas esenciales que no somos capaces de sintetizar, producen moléculas que influyen sobre nuestro estado de ánimo, antibacterianos que nos protegen de la proliferación de bacterias patógenas (como algunas gastrointestinales), entre otras funciones.
Nuestra salud depende del equilibrio en el que se encuentre el microbioma en cada parte de nuestro organismo. Su alteración, afectará la diversidad y abundancia bacteriana, haciendo que nuestro organismo sea susceptible a infecciones y/o cuadros que afecten nuestra salud mental.
¿Cómo se puede alterar este equilibrio? Entre los principales factores que afectan la microbiota intestinal, se encuentran la alimentación, el consumo de antibióticos y estilo de vida en general. La alimentación debe ser considerada no sólo como una fuente de nutrientes y energía para el ser humano, sino también la forma cómo se nutre nuestra microbiota intestinal. Una dieta pobre en fibra, la afectará negativamente, así como la exposición a agentes patógenos.
